Belangrijkste verschil: Autoplay onderzoekt nieuw ontdekte verwijderbare media en apparaten en start een geschikte toepassing om de inhoud af te spelen of weer te geven. Autorun detecteert het bestand autorun.if op de media en voert de instructies uit volgens het bestand.
We komen de termen 'autoplay' en 'autorun' vaak tegen bij het omgaan met computers en veel mensen die niet zo slim zijn, verwart vaak de twee. Hoewel deze woorden op elkaar lijken, verschillen ze in functie. Ze werken ook anders, afhankelijk van het type besturingssysteem dat de gebruiker op dat moment gebruikt.
De Autorun-functie maakte het gemakkelijk voor niet-techneuten om een bestand te installeren door alleen maar een CD in de CD-lade te plaatsen; dit verlaagt echter ook de veiligheid van de computers. Bijvoorbeeld: als een CD wordt opgestart, heeft het systeem zowel een virus als een autorun-bestand, het systeem zal doorgaan en het bestand uitvoeren en het virus op het systeem laden. In het geval van Autoplay, zou het de gebruiker toestemming vragen om een of meer bestanden van de CD te laden. Autoplay was meer ontwikkeld voor muziek-, video- en fotobestanden. Dit systeem wordt geleverd met een systeem van handlers die kunnen omgaan met het afspelen of weergeven van dat soort media.