Belangrijkste verschil: Covert verwijst naar iets dat niet openlijk wordt erkend of weergegeven, terwijl clandestien verwijst naar iets dat geheim wordt gehouden of geheim wordt gehouden. Bovendien zijn dingen die clandestien zijn meestal geheim omdat ze niet vaak moreel correct zijn.

Zowel heimelijke als clandestiene verwijzen naar dingen die in het geheim of niet openlijk worden gedaan. De implicatie van de twee termen verschilt echter van elkaar.
Covert verwijst naar iets dat niet openlijk wordt erkend of weergegeven, terwijl clandestine naar iets verwijst dat geheim wordt gehouden of geheim wordt gehouden. In termen van heimelijkheid hoeft het ding waarnaar wordt verwezen niet iets geheim te zijn. Het kan iets zijn dat de meeste mensen of tenminste sommige mensen al weten, maar het ding wordt meestal niet openlijk besproken omdat het verborgen is.
Clandestiene verwijst daarentegen naar iets dat geheim is en bedoeld is om te worden verborgen; heel weinig andere mensen dan degenen die direct bij de handeling zijn betrokken, weten hiervan. Daarom is er deze implicatie van extreme geheimhouding, die heimelijke niet heeft.