Belangrijkste verschil: een DBMS wordt gebruikt voor het opslaan van gegevens in bestanden. In DBMS kunnen relaties tussen twee bestanden tot stand worden gebracht. Gegevens worden opgeslagen in platte bestanden met metadata, terwijl RDBMS de gegevens in tabelvorm opslaat met extra voorwaarde voor gegevens die de relaties tussen de tabellen afdwingt. In tegenstelling tot RDBMS ondersteunt DBMS geen client-serverarchitectuur. RDBMS legt integriteitsbeperkingen op en volgt ook de normalisatie die niet wordt ondersteund in DBMS.
DBMS en RDBMS zijn beide beheersystemen die verwijzen naar het verzamelen van programma's die nodig zijn om een database te beheren. Ondanks deze gelijkenis zijn er grote verschillen tussen hen. DBMS staat voor databasebeheersysteem terwijl RDBMS staat voor relationeel databasebeheersysteem; deze software wordt gemaakt om grootschalige gegevensverzameling op een efficiënte manier te behouden en te gebruiken. Databasebeheersystemen werden in 1960 door Charles geïntroduceerd, terwijl relationele databasesystemen werden opgericht door Dr. EFCodd van IBM's San Jose Research Laboratory in het jaar 1970.
DBMS beheert grote hoeveelheden gestructureerde gegevens met de voordelen van queryverwerking, controle van de toegang tot gegevens, gegevensuitwisseling en correct ophalen, evenals wijziging van gegevens. RDBMS is een DBMS dat de gegevens in tabellen opslaat; een tabel is een verzameling van onderling gerelateerde gegevensinvoer en bestaat uit kolommen en rijen. Elk van deze tabellen heeft een unieke ID of "primaire sleutel". RDBMS slaat ook de relatie tussen de gegevens op in de vorm van tabellen. In hiërarchisch model van DBMS zijn gegevens georganiseerd als een omgekeerde boomstructuur; waarin elke entiteit slechts één ouderknooppunt heeft, maar met de mogelijkheid van meerdere kinderknooppunten. In het netwerkmodel van DBMS zijn de entiteiten georganiseerd in een grafiek en zijn paden gedefinieerd om toegang te krijgen tot de entiteiten. In relationeel model van DBMS worden gegevens georganiseerd in tweedimensionale tabellen die relaties worden genoemd en RDBMS is gebaseerd op dit specifieke relationele model. Een DBMS kwalificeert zich als een RDBMS als het 13regels volgt die zijn gedefinieerd door Dr.EFCodd. Deze regels worden beschreven als-
Regel 1: Alle informatie moet worden weergegeven door waarden in kolomposities.
Regel 2: Elke waarde moet toegankelijk zijn.
Regel 3: Null-waarden moeten systematisch worden behandeld.
Regel 4: Actieve online catalogus moet gebaseerd zijn op een relationeel model.
Regel 5: aanwezigheid van ten minste één taalomvattende definitie van ondersteunende gegevens, zichtdefinitie, gegevensmanipulatie, beveiligings- en integriteitsbeperkingen, autorisatie en transactiegrenzen.
Regel 6: het systeem moet de theoretisch te updaten weergaven kunnen bijwerken.
Regel 7: systeem moet ondersteuning bieden voor invoegen, bijwerken en verwijderen op hoog niveau.
Regel 8: Systeem moet beschikken over fysieke gegevensonafhankelijkheid.
Regel 9: systeem moet beschikken over logische gegevensonafhankelijkheid.
Regel 10: Integriteitsbeperkingen moeten apart van toepassingsprogramma's worden gespecificeerd.
Regel 11: Distributie van delen van de database naar verschillende locaties moet onzichtbaar blijven voor de gebruikers.
Regel 12: Een taal op laag niveau mag niet worden gebruikt om de integriteitsregels en -beperkingen om te keren of omzeilen die worden uitgedrukt in relationele taal op een hoger niveau.
DBMS kan worden gebruikt voor eenvoudige toepassingen, terwijl het ontwerp van de volgende generatie, dwz RDBMS, kan worden gebruikt voor complexe bedrijfstoepassingen. IBM's Information Management System (IMS) is een voorbeeld van DBMS en Microsoft SQL Server is een voorbeeld van RDBMS.