Belangrijk verschil: de katholieke bijbel bevat de oorspronkelijke zesenveertig boeken van het Oude Testament (waaronder de zeven boeken van de apocriefen) en de zevenentwintig boeken van het nieuwe testament. De protestantse bijbel bevat alleen de negenendertig boeken van het Oude Testament en de zevenentwintig boeken van het Nieuwe Testament.
Een groot verschil tussen de katholieke en protestantse kerken is hun geloof over de bijbels. Katholieken beschouwen de Bijbel als gelijkwaardig met de kerk en traditie, terwijl protestanten de Bijbel beschouwen als de hoogste autoriteit voor geloof en praktijk.
Men zou moeten opmerken dat de Bijbel niet slechts één boek is; het is een verzameling boeken van geschriften naar historische gebeurtenissen. Het is een bibliotheek met verhalen over het leven van Jezus, zijn apostelen en hun leven nadat Jezus aan het kruis stierf. Aan het einde van de 4de eeuw werden deze verschillende delen en verhalen in één deel samengevat, wat in essentie de moderne bijbel is, zoals we die kennen. De moderne Bijbel bestaat uit twee delen: het Oude Testament en het Nieuwe Testament.
Zowel de katholieke als de protestantse bijbels bevatten het Nieuwe Testament in hetzelfde formaat. Het verschil ontstaat in het Oude Testament. Het Oude Testament zoals opgenomen in de Protestantse Bijbel onderging heiligverklaring van de doctrines of boeken. Canonisering is een proces van selecteren welke boeken moeten blijven en deel gaan uitmaken van de Bijbel, en welke moeten worden uitgesloten. De Protestantse Bijbel bevat alleen die boeken die als Gods woorden werden beschouwd. Boeken en verhalen die werden geacht te zijn geschreven door 'man' werden uitgesloten. Dit proces van heiligverklaring duurde vele eeuwen.
Het Oude Testament in de originele Bijbel was gebaseerd op een Griekse vertaling van de Joodse Geschriften, de Septuagint. Rond 100 n.Chr., Herzien Joodse rabbijnen hun Schrift en vestigden een officiële canon van het Judaïsme die sommige delen van de Griekse Septuagint uitsloot.
De boeken die werden verwijderd waren Tobit, Judith, 1 Maccabees, 2 Makkabees, Wijsheid (van Salomo), Sirach en Baruch. Delen van bestaande boeken werden ook verwijderd, waaronder Psalm 151 (uit Psalmen), delen van het Boek van Esther, Susanna (uit Daniël als hoofdstuk 13), en Bel en de Draak (uit Daniël als hoofdstuk 14).
De rooms-katholieke kerk volgde echter niet in de voetstappen van de protestanten en bleef hun oude testament baseren op de Septuagint. In feite bevat de Katholieke Bijbel dus nog steeds de oorspronkelijke zesenveertig boeken van het Oude Testament (waaronder de zeven boeken van de apocriefen) en de zevenentwintig boeken van het Nieuwe Testament. De protestantse Bijbel daarentegen bevat nu de negenendertig boeken van het Oude Testament en de zevenentwintig boeken van het Nieuwe Testament.