Belangrijkste verschil: de iTunes-account is gekoppeld aan een Apple ID; beide zijn afhankelijk van elkaar. Apple ID is een account dat wordt gebruikt om in te loggen bij verschillende 'i'-winkels. iTunes zelf is een mediaspeler, waarbij je een Apple ID nodig hebt om verschillende applicaties te downloaden.

iTunes zelf is een mediaspeler en mediabibliotheek die is ontwikkeld door Apple Inc. Als iemand iets wil downloaden of kopen via de iTunes Store, moet deze een Apple-account hebben. Het zal voor de gebruikers eenvoudiger zijn om onbeperkt bestanden te downloaden. Een iTunes Store-account is in principe noodzakelijk omdat informatie over de bibliotheek van de gebruiker eerst naamloos naar de database van Apple moet worden gestuurd.
Apple ID is een account, waarbij alleen Apple-gebruikers kunnen inloggen. Een Apple-gebruiker kan inloggen op verschillende producten, zoals iWork, iCloud, de iTunes Store en de Apple Store. Er zijn geen verschillende ID's nodig voor verschillende producten. Apple ID is gratis beschikbaar; alleen een geldig e-mailadres en een wachtwoord dat een alfanumerieke hoofdlettergevoelige reeks van minstens 8 tekens is, zijn vereist.
In eenvoudige bewoordingen is een Apple ID een gebruikersnaam voor alles wat men met Apple kan doen. Met behulp van een Apple ID kun je winkelen in de iTunes Store, inloggen bij iCloud, een app kopen, iMessage of veel andere dingen gebruiken.

De Apple ID en iTunes-account is in feite hetzelfde. Er is alleen een verschil in naam en niets anders. Het iTunes-account is gekoppeld aan de Apple ID. Je hebt een Apple ID nodig om in te loggen op hun iTunes-account. Als iemand geen Apple ID heeft, moet hij er een maken voordat hij de iTunes Store kan gaan gebruiken.
Sinds iTunes 7 kan gekochte muziek van de iPod naar de computer worden gekopieerd. De computer moet door dat iTunes-account zijn gecertificeerd. Met iTunes kunnen maximaal 5 computers op één account worden gecertificeerd. Om vervolgens de machtiging voor en de registratie van nieuwe computers mogelijk te maken, moeten alle accounts worden verwijderd, gevolgd door het registreren van het live account. Dit kan slechts één keer per jaar worden gedaan.